故事是紧接光晕2，士官长回到地球，遇见神风烈士，自此他们二人并肩作战。 故事的结局是，控制所有光晕的方舟被毁，7个光晕失效。人类开始重建家园，所有被释放的虫族因失去首领(尸脑兽)而不能生存，星盟彻底瓦解，神风烈士成为精英族的首领，和另一个英雄精英舰长“半嘴